保健食品的開發為主、癌症輔助新藥的開發為輔- 澄交生技。

澄交生技的事業體主要有兩個主軸：「腸道菌癌症輔助治療新藥開發」與「益生菌相關保健食品開發」。

腸道菌與疾病的相關性及其在疾病治療上應用是近十年來科學上重要的突破, 澄交生技擬以自建的技術平台篩選關鍵的腸道菌以及鑑定腸道菌代謝產物，各別化療或免疫治療搭配的治療方案，為消化道癌症的臨床治療尋求更有效與降低副作用的治療方案。
益生菌相關保健食品的開發將結合台灣優勢的農、漁產業，開發自有品牌的保健食品，拓展海內外的原料、半成品與成品的市場，以保健食品的營收支持腸道菌新藥的研發，以腸道菌癌症輔助新藥的開發與授權成就澄交生技的商業模式與品牌價值。